对于大部分农产品加工企业来说，将享受4％的增值税率减扣。原因在于，“统一进销项税率”有了实质性进展。
但是目前减扣范围仍限定在乳业和食用植物油加工行业。
近日，国税总局出台《关于部分行业试行农产品增值税进项税额核定扣除管理办法的公告》的征求意见稿（下称“《公告》”）。公告指，将在液体乳及乳制品制造和食用植物油加工行业率先试点进项税额核定扣除办法，同时将农产品进项税额扣除率由现行的13％修改为纳税人再销售时货物的适用税率。
减负4％？
对比是，此前工业企业销项税按17％征收，进项税按13％抵扣
“进项税抵扣”是增值税的一大特点。企业增值税计算方法是销项税减去进项税抵扣后部分，销项税指在企业销售产品时所缴税额，进项税是企业在购进原材料时所缴税额。目前中国农产品加工企业销项税和进项税率不统一，普遍情况是销项税按17％征收，进项税按13％抵扣，中间产生4个百分点的增值税负，都由农产品加工企业担负。
国税总局也不讳言这一现象。《公告》表示，所以会引起所谓“高征低扣”的误解，是因为中国对农业生产者自产的农产品给予了免征增值税的优惠政策，同时，允许增值税一般纳税人购进免税农产品时，自行开具农产品收购发票作为抵扣凭证，按照买价13％扣除率计算抵扣进项税额。实质上，国家对农产品加工和流通企业给予了隐性补贴。
但由于虚拟抵扣的进项税额按照13％的扣除率计算，而大部分农产品加工企业生产销售的货物适用17％的增值税税率，结果争议不断。鲜明对比是，工业企业销项税按17％征收，进项税按13％抵扣。
按照新调整意见，农产品进项税额扣除率由现行的13％修改为纳税人再销售时货物的适用税率，即纳税人销售的货物适用13％税率的，则扣除率为13％，纳税人销售的货物适用17％税率的，则扣除率为17％。华鑫证券认为，此次调整对于大部分农产品加工企业来说将享受4％的增值税率减扣。
但国内一家大型乳制品企业指出，实际情况达不到4％增值税率减扣。此前，企业产品销项税率一般都分为13％和17％两部分。13％的即为巴氏奶和常温奶等纯牛奶，属于初级农产品；17％则为含奶量40％左右乳饮料、花色奶，也包括奶粉、酸奶等。调整后，企业目前有60％-70％左右的产品销售适用于17％的销项税，还有30％多的产品适用于13％的销项税。
同时也就意味着，目前有六成多的产品能够享受到增值税率减扣。
他同时称，进项税是对企业主营业务成本进行计算，而销项税是对生产出的产品的未含税价格进行计算，分母并不一样，所以即使增值税率减扣，也并没有4％这么多。
而对于此次试点的另一行业——食用油企业来说，“减负”没有实质意义。一家食用油企业表示，食用油加工企业进项税额扣除率与销项税率一直都是一致的，均13％，此次国税总局新规不会增加也不会减少企业应缴的税金。
面粉行业也如此。而增值税负重的应该是在农产品深加工行业，很多并不在此次试点之中。例如，双汇旗下火腿肠业务，应属农产品深加工，但不在此次试点范围内。
华鑫证券认为，年初，《中共中央国务院关于加快水利改革发展的决定》出台，3月国务院常务会决定开展全国粮食稳定增产行动，增值税调整为国家农业政策扶持的后续跟进，将提高农产品加工企业的生产积极性，增加农产品供给。同时，这也是政府应对通胀压力的措施之一。由于农产品价格上涨成为本次通胀重要推手之一，故从农产品供给端减缓通胀压力。
防范偷骗税
利用农产品收购发票偷骗税的大案要案仍然屡禁不止
在多位企业人士看来，《公告》更在于防范避税现象。
除了增值税率调整，《公告》指出，将试点进项税额核定扣除办法，改变当前农产品加工和流通企业凭农产品收购发票直接计算抵扣进项税额的做法，实行农产品进项税额核定扣除，具体进项税额由税务部门计算、核定。
上述企业人士透露，进项税由农产品加工企业采购原材料的上游企业承担，加工企业凭农产品收购发票抵扣。这些上游企业有很多是小规模企业甚至个体、工商户，他们实行的是税收定额制，因此经常可以按照加工企业要求写高发票，提高加工企业抵扣的进项税，达到避税目的。
《公告》也表示，现行凭票扣税的规定引发了大量的偷骗税案件。其偷骗税的手段主要包括，向农业生产者收购农产品时，利用政策漏洞虚开收购发票，多列金额和数量，虚增进项税额以达到偷税的目的；向一般纳税人收购农产品时，不索取增值税专用发票，而是自行开具农产品收购发票，既使自己多抵扣税款，也帮助销售方逃避监管。
税务机关采取了诸如实地盘点、审核检查、纳税评估等多项措施，但由于税制缺陷的局限，始终难以取得明显的效果，利用农产品收购发票偷骗税的大案要案仍然屡禁不止，时有发生。
国税总局方面表示，农产品进项税额核定扣除办法废除了农产品收购发票的抵扣功能，将农产品进项税额与现有抵扣凭证脱钩，从源头上消除了纳税人虚开收购发票的动机；另一方面税务机关可以利用纳税人的销售收入以及成本、费用等财务数据之间的逻辑关系，强化对纳税人抵扣进项税额真实性的“控制”，有利于防范和及时发现偷骗税行为。